De acordo com o Regimento Interno da FANUT, a Congregação da Unidade é o órgão máximo consultivo, deliberativo e de recurso da FANUT no âmbito de suas competências.
É composta pelo Diretor, como seu presidente; o corpo docente do quadro permanente lotado na FANUT; dois representantes dos servidores TAE lotados na FANUT; dois representantes do corpo discente do curso de Nutrição da UNIFAL-MG.