Os protozoários intestinais e do trato geniturinário são aqueles que podem causar infecções no intestino delgado ou grosso e no trato urogenital, a principal forma de transmissão das parasitoses causadas por esses protozoários é a ingestão de alimentos ou água contaminados por fezes infectadas. Como principais protozoários que atingem os humanos causando parasitoses encontram-se: a Giardia duodenalis, a Entamoeba histolytica e o Trichomonas vaginalis.