A FarUni é gerida por um Comissão Técnico Científica (CTC-FarUni), conforme determina seu Regimento Interno, constituída pela Portaria n.º 264, de 17 de fevereiro de 2022.

A atual gestão tem mandato de 11/03/2023 a 10/03/2025 (Processo nº 23087.000881/2023–56), sendo composta pelos seguintes membros:

• Dra. Luciene Alves Moreira Marques – Presidente
• Dra. Flávia Chiva Carvalho- Vice-Presidente