A gestão da Farmácia Universitária é exercida por uma Chefia e Vice-Chefia e por uma Comissão Técnico-Científica.
As atividades de estágio curricular obrigatório e não obrigatório são orientadas por docentes da Faculdade de Ciências Farmacêuticas ou da instituição de origem do estagiário.
Os estágios e as demais atividades desenvolvidas por acadêmicos na FarUni são supervisionadas pelos farmacêuticos do setor correspondente.