O PPGCB conta com uma infraestrutura dedicada às atividades de ensino bastante consistente. Além das salas regulares equipadas com computadores e projetores, possui duas salas exclusivas destinadas para realização das defesas e aulas onde haja a necessidade do uso de equipamentos de videoconferência. Possui uma ampla biblioteca conforme descrita com mais detalhes abaixo.

O Programa conta ainda com diversos laboratórios para ministrar conteúdos práticos junto com os cursos de graduação, mas utiliza alguns laboratórios de pesquisa do Programa para oferta de conteúdos práticos específicos que demandam uma infraestrutura diferenciada, como o laboratório de cultura de célula, para experimentos de parasitologia. Em 2020, a instituição fez a adesão à plataforma Google Workspace o que permitiu a utilização de diversas ferramentas digitais, como o Google Classroom, que veio somar ao Moodle como alternativa de um ambiente virtual de aprendizagem.