As linhas de pesquisa nas quais o Programa está calcado, foram desenvolvidas pela demanda regional, levando em consideração o perfil inovador dos futuros egressos, visto que a tecnologia gerada por estes terá aplicação prática nas diversas áreas de atuação da Biotecnologia como na saúde, agricultura, setor industrial e de inovação tecnológica.

• Biomoléculas:

         Esta linha de pesquisa tem como objetivo o desenvolvimento de trabalhos destinados à produção, identificação, imobilização, purificação e/ou expressão gênica de biomoléculas e estudos de regulação ou interação, que envolvam sistemas biológicos, micro-organismos, enzimas, células animais e vegetais visando aplicações nas áreas biológica, biotecnológica, bioquímica e/ou farmacêutica.

• Reaproveitamento de Resíduos Agroindustriais:

         A linha de pesquisa tem como objetivo o desenvolvimento de produtos e processos mais nobres a partir de resíduos agroindustriais amplamente disponíveis no estado de Minas Gerais como produção de enzimas, antibióticos, biocombustíveis, biopolímeros, biolubrificantes, ácidos orgânicos, e suportes para a imobilização/estabilização de enzimas