Em 1994, ainda EFOA – Escola de Farmácia e Odontologia de Alfenas, foi implantada a Diretoria de Pesquisa, tendo como o primeiro gestor o Prof. Antonio Martins de Siqueira, como diretor. Posteriormente, o saudoso Prof. José Renan assumiu a diretoria, mesmo período em que a Instituição se tornou Centro Universitário. O próximo dirigente foi o Prof. Paulo Márcio. Foi em sua gestão que a instituição se tornou Universidade. Nos próximos anos a pós-graduação stricto sensu começou a ser implantada, iniciando na gestão do Prof. Polo. Na gestão do Prof. Doriguetto, além da criação de demais cursos de mestrado, foi implantado o primeiro doutorado da instituição. Na última gestão, com o apoio da Profa. Eva, foram criados mais programas stricto sensu.

Profa. Eva Burger 2014-2018	Prof. Antonio Carlos Doriguetto 2010-2014	Prof. Marcelo Polo 2005-2010
Prof. Paulo Márcio de Faria e Silva 2001-2005	Prof. Antonio Martins de Siqueira 1997-2001	Prof. José Renan Vieira da Costa 1997-2001