O intestino delgado possui a estrutura de parede típica dos órgãos do tubo digestivo, formada pelas seguintes camadas: mucosa, submucosa, muscular e serosa. A  mucosa intestinal é caracterizada por apresentar vilosidades intestinais, que são projeções alongadas da mucosa em direção ao lúmen, e é revestida por um epitélio cilíndrico simples, onde se observam células absortivas e células caliciformes. As células absortivas são células colunares altas, com núcleo oval na porção basal, sendo que no ápice de cada célula há a formação da borda em escova formada pelo conjunto de microvilosidades e glicocálix. As células caliciformes estão distribuídas entre as células absortivas. Estas células apresentam grânulos contendo mucina, no seu citoplasma apical. A lâmina própria é composta por tecido conjuntivo frouxo, onde se observa presença das glândulas tubulares simples denominadas Criptas de Lieberkuhn. A mucosa é separada da submucosa, por uma faixa de músculo liso chamada de muscular da mucosa. A submucosa é constituída de tecido conjuntivo denso e na região do duodeno apresentam grupos de glândulas tubulares enoveladas ramificadas, as glândulas duodenais (glândulas de Brunner), cujas células secretam um muco alcalino. A camada muscular é bem desenvolvida e composta de uma camada circular interna e outra camada longitudinal externa de músculo liso. Revestindo externamente o órgão, há a membrana serosa, uma fina camada de tecido conjuntivo recoberta por um epitélio pavimentoso simples ou mesotélio.