A mucosa intestinal é caracterizada por apresentar vilosidades intestinais, que são projeções alongadas da mucosa em direção ao lúmen, e é revestida por um epitélio cilíndrico simples onde se observam as células absortivas, que são colunares altas, e células caliciformes, que possuem um formato mais oval. A lâmina própria é composta por tecido conjuntivo frouxo, onde se observa presença das glândulas tubulares simples denominadas criptas de Lieberkuhn. A mucosa é separada da submucosa pela camada muscular da mucosa, constituída por fibras musculares lisas. A submucosa é constituída de tecido conjuntivo denso e apresentam grupos de glândulas tubulares enoveladas ramificadas, as glândulas duodenais (glândulas de Brunner), cujas células secretam um muco alcalino. A camada muscular é bem desenvolvida e composta de uma camada circular interna e outra camada longitudinal externa de músculo liso. Revestindo externamente o órgão, há a membrana serosa, uma fina camada de tecido conjuntivo recoberta por um epitélio pavimentoso simples ou mesotélio.