Externamente o timo é envolvido por uma cápsula constituída de tecido conjuntivo denso não modelado, o qual emite septos que dividem o parênquima do órgão em lóbulos incompletos. Ao contrário dos outros órgãos linfóides, o timo não apresenta nódulos. Cada lóbulo é formado por uma parte periférica, fortemente corada, denominada zona cortical, que envolve a parte central mais clara, a zona medular. Na medula encontram-se os corpúsculos de Hassall, característicos do timo e constituído por células reticulares epiteliais achatadas, em arranjo concêntrico, semelhantes a uma cebola. A região cortical e a medular possuem os mesmos tipos celulares, os linfócitos T e as células reticulares epiteliais, em proporções diferentes. A zona cortical cora-se mais fortemente pelo corante de utilizado, por possuir maior concentração de linfócitos T, em diferentes estágios de maturação.